qi安装教程-(qiime安装)

软件包

1、bin文件.bin bin直接运行就是安装

2、rpm包 已经编译之后的应用程序。

3、源码压缩包

安装软件的步骤：

1、检查是否已经安装

rpm -qa | grep jdk

2、下载软件包

3、安装

依赖 rpm不能解决安装过程中的依赖问题， yum可以解决

解决依赖问题

java中通过maven解决

linux中通过yum解决

yum在下载目标程序的同时，会将依赖程序一起下载

rpm -i /PATH/TO/PACKAGE_FILE

-h: 以#显示进度；每个#表示2%;

-v: 显示详细过程

-vv: 更详细的过程

rpm -ivh /PATH/TO/PACKAGE_FILE

--nodeps: 忽略依赖关系；

--replacepkgs: 重新安装，替换原有安装；

--force: 强行安装，可以实现重装或降级；

安装jdk

配置环境变量：编辑/etc/profile 或者 ~/.bash_profile

export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.7.0_71

export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

rpm -q PACKAGE_NAME： 查询指定的包是否已经安装

rpm -qa : 查询已经安装的所有包

rpm -qi PACKAGE_NAME: 查询指定包的说明信息；

rpm -ql PACKAGE_NAME: 查询指定包安装后生成的文件列表；

rpm -qc PACEAGE_NEME：查询指定包安装的配置文件；

rpm -qd PACKAGE_NAME: 查询指定包安装的帮助文件；

rpm -q --scripts PACKAGE_NAME: 查询指定包中包含的脚本

rpm -qf /path/to/somefile: 查询指定的文件是由哪个rpm包安装生成的；

如果某rpm包尚未安装，我们需查询其说明信息、安装以后会生成的文件；

rpm -qpi /PATH/TO/PACKAGE_FILE

rpm -qpl

rpm -Uvh /PATH/TO/NEW_PACKAGE_FILE: 如果装有老版本的，则升级；否则，则安装；

rpm -Fvh /PATH/TO/NEW_PACKAGE_FILE：如果装有老版本的，则升级；否则，退出；

--oldpackage: 降级

rpm -e PACKAGE_NAME

--nodeps

rpm remove 卸载单个软件包

rpm -V PACKAGE_NAME

rpm

--rebuilddb: 重建数据库，一定会重新建立；

--initdb：初始化数据库，没有才建立，有就不用建立；

-----检验来源合法性，及软件包完整性；

加密类型：

对称：加密解密使用同一个密钥

公钥：一对儿密钥，公钥，私钥；公钥隐含于私钥中，可以提取出来，并公开出去；

单向：

# ls /etc/pki/rpm-gpg/

RPM-GPG-KEY-redhat-release

rpm -K /PAPT/TO/PACKAGE_FILE

dsa, gpg: 验正来源合法性，也即验正签名；可以使用--nosignature，略过此项

sha1, md5: 验正软件包完整性；可以使用--nodigest，略过此项

rpm安装jdk

rpm -ivh jdk-7u79-linux-x64.rpm

rpm -ql jdk #搜索安装位置

vi /etc/profile #配置环境变量

export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.7.0_79

export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH

source /etc/profile

java –version #验证jdk是否安装成功

yum: Yellowdog Update Modifier

yum

apt-get

yum install zsh

[Repo_ID]

name=Description

baseurl=

ftp://

http://

file:///

enabled={1|0}

gpgcheck={1|0}

gpgkey=

yum命令：

yum [options] [command] [package ...]

-y: 自动回答为yes

--nogpgcheck

步骤：

1、进入：

2、 yum install wget

3、备份

mv /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo.backup

4、下载新的CentOS-Base.repo 到/etc/yum.repos.d/ （这里针对cenos 6）

wget -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo

5、之后运行yum makecache生成缓存

支持glob

all

available：可用的，仓库中有但尚未安装的

installed: 已经安装的

updates: 可用的升级

[ packages | headers | metadata | dbcache | all ]

repolist: 显示repo列表及其简要信息

all

enabled： 默认

disabled

yum install PACKAGE_NAME

update: 升级

update_to: 升级为指定版本

remove|erase：卸载

provides| whatprovides: 查看指定的文件或特性是由哪个包安装生成的;

groupinfo

grouplist

groupinstall

groupremove

groupupdate

yum search PACKAGE_NAME

通过源码安装

1、下载

2、查看源码

3、准备编译环境

4、检查（依赖，兼容），预编译

5、编译

6、安装

解压：tar -zxvf 压缩包 ,tar.gz

安装编译环境： yum install gcc gcc-c++

也可以将真个小组全部安装：

安装\"Development Tools\"和\"Development Libraries\"

yum groupinstall Development Tools Development Libraries

进入解压后的文件中

预编译： ./configure --prefix=/usr/local/tengine 自定义安装路径 其他配置 --help

--sysconfdir=/PATH/TO/CONFFILE_PATH

功能：1、让用户选定编译特性；2、检查编译环境

中间如果缺文件：

搜索： yum search 搜索提示缺失的前半部分

安装：yum install 一般选择带开发字样(dev ) x68 64的 后缀不复制

编译安装前，cd进入解压的文件中

编译：# make

安装：# make install

make && make install 表示前一步正确完成后就执行后面一步

安装完成以后，压缩包和解压的文件都可以删除

解压：tar -zxvf httpd-2.4*****.tar.gz

apache 依赖apr，和apr-util

下载安装apr和apr-util

官网： download------->Stable version

yum search 'PCRE'

yum install 'pcre-devel'

编译环境已经完成，所以不需要 yum install gcc gcc-c++

进入解压后的文件 解压后的文件默认在当前目录下

预编译：./configure –prefix=/usr/nginx

make

make install

开启服务: 进入 安装后目录 cd /usr/nginx/sbin/ ./nginx

关闭防火墙： service iptables stop

在C:\Windows\System32\drivers\etc 中的hosts修改ip的映射

浏览器输入：http://node7/

mysql源码安装：

安装：

将mysql注册为系统服务

1、找到注册为系统服务的脚本：

cd /usr/mysql/share/mysql

2、将脚本复制到指定位置：

cp mysql.server /etc/init.d/mysql

添加用户：

groupadd mysql #添加mysql用户组

[root@localhost ~]# useradd mysql -g mysql -s /sbin/nologin # 添加mysql用户

[root@localhost ~]# cd /usr/local/mysql

[root@localhost ~]# chown mysql.mysql -R . #将mysql目录赋予mysql用户的执行权限

[root@localhost ~]# chown mysql.mysql -R /data/mysql

[root@localhost ~]# cp support-files/my-default.cnf /etc/my.cnf #mysql配置文件

[root@localhost ~]# chmod 755 scripts/mysql_install_db #赋予mysql_install_db执行权限

以下命令为mysql 启动及自启动配置

[root@localhost ~]# scripts/mysql_install_db --user=mysql

以安全方式启动mysql:

#/usr/bin/mysqld_safe --skip-grant-tables

稍等5秒钟，然后执行以下语句：（这个步奏估计是要等一会儿，我在这步时就遇到过问题！）

#/usr/bin/mysql -u root mysql

注意：mysql与mysql_safe目录一样，都是：/usr/bin/下，这个是通过\"ps -ef | grep -i mysql\"命令得到的。

出现\"mysql>\"提示符后输入：

mysql> update user set password = Password('root') where User = 'root';

回车后执行（刷新MySQL系统权限相关的表）：

mysql> flush privileges;

再执行exit退出：

mysql> 电脑 exit;

mysql的配置文件：/etc/my.conf

mysql的日志 /var/log/myssqld.log

配置文件位置 /etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.conf

linux下mysql的安装和卸载

linux下的tomcat直接解压缩即可使用

开启服务 ： /tomcat/bin/startup.sh

ps aux | grep java 得到tomcat的pid

关闭服务： kill -9 pid 第二种 killall java

tomcat访问日志

脚本：命令的堆砌。

shell :弱类型、 解释型语言

解释器：bash

方法一 ./filename

方法二 bash

bash -n shell文件 ：检查文件是否有语法错误。

bash –x shell 文件 ：debug 执行文件

bash的变量类型：

环境变量

本地变量（局部变量）

位置变量

特殊变量：bash内置的用来保存某些特殊数据的变量。（也叫系统变量）

本地变量：只属于某一个bash的变量。

var_name=值

作用电脑域：整个bash进程

局部变量：

local var_name =值，

作用域：当前代码段。

环境变量：

export 名字=值

作用域：当前的shell和其shell。

注意：脚本在执行时都会启动一个子shell进程：

命令行中启动的脚本会继承当前shell环境变量。

系统自动启动脚本（非命令行启动）：则需要自我定义环境变量。

位置变量： 用于 脚本执行的参数，$1 表示第一个参数，以此类推

$1,$2….

特殊变量：

$? :上一个命令的执行状态返回值。 0表示成功 非0表示不成功

$# 传递到脚本的参数个数

$* 传递到脚本的参数，与位置变量不同，此选项参数可超过9个

$$ 脚本运行时当前进程的ID号，常用作临时变量的后缀，如 haison.$$

$! 后台运行的（&）最后一个进程的ID号

$@ 与$#相同，使用时加引号，并在引号中返回参数个数

$- 上一个命令的最后一个参数

$? 最后命令的退出状态，0表示没有错误，其他任何值表明有错误

撤销变量：

unset 变量名

查看变量

查看shell中变量：

set 命令

查看shell中的环境变量

printenv

env

export

引用变量：

${变量名}，一般可以省略{} echo \"${AA}s\" 加了{}可以在后面加东西

单引号：强引用，不作变量替换

双引号：弱引用，做变量替换

反引号：``命令替换 echo \"dir is `pwd`\"

程序返回值：

执行结果

执行状态，$? : 0:表示正确，1-255：错误

输出重定向：

>覆盖重定向

>> 追加重定向

2> 错误覆盖重定向

2>>错误追加重定向

&> 全部重定向

条件表达式：

1. [ expression ]

1. test expression

整数比较：字符串的比较用==

-eq ： 比如：[ $A –eq $B ]

不等于 -ne ，大于 -gt , 小于 -lt, 大于等于 -ge, 小于等于-le

命令的逻辑关系：

在linux 中 命令执行状态：0 为真，其他为假

逻辑与： && 前面一个成立才执行后面一个

第一个条件为假时，第二条件不用再判断，最终结果已经有；

第一个条件为真时，第二条件必须得判断；

逻辑或： || 前面一个不成立才执行后面一个

逻辑非： ！

命令执行的状态 的逻辑关系

实例：

新增用户并且设置用户密码，密码和用户名一致

两层逻辑判断

求三个数的最大值

If 条件 ；then

语句

elif 条件 ； then

语句

else

语句

fi

-a ： 逻辑与，并且 ： if [ $# -gt 1 –a $# -lt 3 –o $# -eq 2 ] ; then

-o ：或者

根据输入的用户名判断是管理员还是普通用户

根据历史记录数提示：

1. let 算术运算表达式

let C=$A + $B

2、$[算术表达式]

C = $[$A+$B]

3、$((算术表达式))

C=$(($A+$B))

1. expr 算术表达式 ，注意：表达式中各操作数及运算符之间要有空格。而且要使用命令引用

C=`expr $A + $B`

练习：给定一个用户，获取其密码警告期限，然后判断用户密码使用期限是否已经小于警告期限，如果小于，则是显示\"WARN\" ，否则显示密码还有多少天到期。

[ 表达式 ]

[[ 表达式 ]]

test 表达式

INT1=33

INT2=32

[ $INT1 -eq $INT2 ]

[[ $INT1 -eq $INT2 ]]

test $INT1 -eq $INT2

[ ] 需要中括号

-e FILE :测试文件是否存在

-f FILE :测试文件是否为普通文件

-d FILE ：测试文件是否为目录

-r 读权限

-w 写权限

-x 可执行权限

== 等号两端需要空格

!=

-n string : 判断字符串是否为空

-s string : 判断字符串是否不空

练习: 判断当前主机的CPU生产商，（其信息保存在/proc/cupinfo文件中）。

进入条件，退出条件

for 变量 in 列表 ； do

语句

done

比如： for I in 1 2 3 4 5 ；do

语句

done、

如何生成列表：

1、{1..100}

2、seq [起始数] [跨度数] 结束数

3、ls /etc 文件列表

练习：给定三个用户名，将此些用户的帐号信息提取出来，后放入/tmp/test.txt文件中，并给定行号。在行首。

练习：依次向/etc/passwd中的每个用户问好：hello 用户名，并显示用户的shell：

格式一

while 条件;do

语句

[break]

done

格式二 死循环

while true

do

语句

done

格式三 死循环

while :

do

语句

done

格式四 死循环

while [ 1 ]

do

语句

done

格式五 死循环

while [ 0 ]

do

语句

done

case 变量 in

value1）

语句

；；

value2）

语句

；；

*)

语句

；；

esac

change –m 10 root

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